Музей «Ельцин-центр» оказался в центре внимания из-за подозрений в неуважении к российским военнослужащим, которые не вернулись из зоны проведения специальной военной операции.
В рамках выставки, на которой были представлены работы художницы Алисы Горшениной, известной под псевдонимом HUA, журналисты обратили внимание на её сотрудничество с группой Pussy Riot. В одном из их совместных проектов упоминаются случаи осквернения останков участников специальной военной операции и поджог Останкинской телебашни.
В 2023 году Министерство юстиции России проверило «Ельцин-центр» на предмет деятельности иностранного агента. Ведомство заявило, что не может признать «Ельцин-центр» иностранным агентом. Запрос о признании музея иностранным агентом был направлен депутатом Государственной Думы Альшевских ещё 26 сентября 2022 года. 15 июня Министерство юстиции сообщило о проведении «глубокой» проверки Центра по вопросу иноагентского статуса. В организации утверждают, что нет оснований для присвоения такого статуса, поскольку бюджет музея «незначительный» и полностью прозрачен.